细胞核（Nucleus）是遗传信息的主要储存部位，也是整个细胞的控制中心。在细胞核里面，包含大量的组蛋白和各种遗传相关酶以及表观遗传相关酶，他们均可作为细胞核marker。

核仁（Nucleolus）是细胞核内的一种由核酸和蛋白质组成的致密小体。绝大多数真核细胞均具有核仁，数目1-2个，甚至多个。核仁的主要功能是rRNA的合成、加工与成熟以及核糖体亚单位的组装。

核膜（Nuclear envelope）的有无是区分真核细胞和原核细胞的主要特征之一。真核核膜对核内外物质的进出有高度选择性，控制着细胞核内外物质和信息的交换传输。

内质网（ER，Endoplasmic reticulum）是蛋白质合成、折叠、组装、修饰、运输的重要场所，同时它还参与脂质和糖类代谢,也是细胞内储存Ca²⁺的主要场所。

高尔基体（Golgi apparatus）是由数层重叠的扁平囊泡、若干大、小泡组成的膜性结构，其主要功能将内质网合成的蛋白进行加工、分拣与运输，然后分门别类地送到细胞的特定部位或分泌到胞外。

中心体（Centrosome）是动物细胞的主要微管组织中心，一般由两个中性粒组成，呈垂直排列。它在细胞极性的产生、胞间运输以及细胞分裂过程中发挥着重要作用。

线粒体（Mitochondrion）是一种存在于大多数细胞中的双层膜细胞器，是细胞进行有氧呼吸的主要场所，也是细胞产生能量的主要源头。

核糖体（Ribosome）是细胞蛋白质合成的场所，主要由rRNA和蛋白质构成,其功能按照mRNA指令，翻译多肽链，合成蛋白质。

溶酶体（Lysosome）内含多种酸性水解酶，是细胞的消化器官，对内可将受损蛋白、细胞器降解，对外可抵御细菌病毒入侵，将外来物吞噬消化；实现资源的回收利用。

过氧化物酶体（Peroxisome）是一种高度动态、代谢活跃的细胞器，主要参与脂肪酸等脂质的代谢和氧化应激的调节。

内体（Endosome）是真核细胞中膜包裹的一种囊泡结构，它通过内吞作用而形成，参与以蛋白质为主的大分子分选、运输和降解。根据内吞的不同作用阶段，内体可被分为早期内体、晚期内体和循环内体。

外泌体（Exosome）细胞分泌的一种细胞外囊泡，它能够将核酸、蛋白质和脂质在内的多种生物活性分子从供体细胞转移到受体细胞，介导细胞间通讯和分子转运。

细胞骨架（Cytoskeleton）是普遍存在于真核细胞胞质中的蛋白质纤维网架结构，主要由微丝、微管和中间纤维构成。它在细胞的形态支持、形态建成、细胞内结构的组织与定位、细胞运动、内吞与外吐、胞内运输、细胞分裂、信息传递等过程中起着广泛而重要的作用。

细胞膜（Plasma membrane）又被称为质膜，是包围于细胞表面的一层磷脂双分支层结构，是细胞的周界。与核膜一样，细胞膜也具有选择透过性，严格控制着膜内外的物质和信息交换。

 

蛋白名称	表达部位	常用marker
Syntaxin 6	细胞浆	高尔基体
GM130	细胞浆	高尔基体
高尔基体蛋白73（GP73/GOLPH2	细胞浆	高尔基体
高尔基体重组堆积蛋白2（GORASP2）	细胞浆	高尔基体
突触融合蛋白6（Syntaxin 6）	细胞浆	高尔基体
Lamin B1	核膜	核膜
LaminA/C	核膜	核膜
Fibrillarin	细胞核	核仁
NIFK	细胞核	核仁
C23 (Nucleolin)	细胞核	核仁
NOP2	细胞核	核仁
钙联蛋白（Calnexin）	细胞浆	内质网
钙网蛋白（Calreticulin）	细胞浆	内质网
内质网蛋白（ERp72）	细胞浆	内质网
葡萄糖调节蛋白94（GRP94）	细胞浆	内质网
蛋白二硫键异构酶（PDI）	细胞浆	内质网
着丝粒蛋白J（CENPJ）	细胞核	中心体
中心体蛋白110（CP110）	细胞核	中心体
中心粒周围蛋白（Pericentrin）	细胞核	中心体
微管蛋白-γ（Gamma Tubulin）	细胞核	中心体
凋亡诱导因子（AIF）	细胞浆	线粒体
ATP合成酶H+转运线粒体F1复合体α亚基1（ATP5A1）	细胞浆	线粒体
细胞色素c氧化酶IV（COXIV）	细胞浆	线粒体
氨基甲酰磷酸合成酶1（CPS1）	细胞浆	线粒体
热休克蛋白60（HSP60）	细胞浆	线粒体
线粒体内膜蛋白（Mitofilin）	细胞浆	线粒体
抗增殖蛋白（Prohibitin）	细胞浆	线粒体
电压依赖性阴离子通道蛋白1(VDAC1/Porin）	细胞浆	线粒体
核糖体蛋白S3（RPS3）	细胞浆	核糖体
核糖体蛋白L4（RPL4）	细胞浆	核糖体
核糖体蛋白L7（RPL7）	细胞浆	核糖体
LAMP1	细胞浆	溶酶体
LAMP2	细胞浆	溶酶体
过氧化氢酶（Catalase）	细胞浆	过氧化物酶体
过氧化物酶体生物合成因子1（PEX1）	细胞浆	过氧化物酶体
过氧化物酶体生物合成因子5（PEX5）	细胞浆	过氧化物酶体
过氧化物酶体生物合成因子14（PEX14）	细胞浆	过氧化物酶体
RAB5	细胞浆	内体
RAB11	细胞浆	内体
早期内体抗原1（EEA1）	细胞浆	内体
CD9	整个细胞	外泌体
CD63	整个细胞	外泌体
CD81	整个细胞	外泌体
肿瘤易感基因101（TSG101）	整个细胞	外泌体
微管蛋白Alpha Tubulin		细胞骨架
Beta Tubulin		细胞骨架
波形蛋白Vimentin		细胞骨架
β-连环蛋白（Beta catenin）	细胞膜	细胞膜
钠钾ATP酶蛋白A1（ATP1A1）	细胞膜	细胞膜